Hallo Soui21,
Schei**... das klingt nicht gerade gut. 
Ich habe sowas auch schon mal gehabt. Den Grund dafür kann ich Dir leider auch nicht sagen - ich habs damals selber micht gebacken bekommen und hab die betreffenden Leitungen nochmals neu gezeichnet...
Die "Punkte" die im Modell verstreut rumliegen sind die Verbindungselemente zwischen dein einzelnen Rohrstücken - also z.B. Schweißpunkte über die Plant3D die Rohre verbindet... und diese Verbinung zw. Rohrstücke und Schweißpunkte ist bei Dir verloren gegangen...
Was Du probieren kannst ist über "Komponente mit angrenzender verbinden" (ist im Recktsklickmenü bzw. der Befehl dazu wäre "PLANTCONNECTJOINT") die einzelnen Rohrstücke wieder miteinander zu verbinden. Dass musst Du aber für jede Verbindung machen... Da kann es durchaus sein das ein Neuzeichnen schneller wäre...
Was bei mir auch schonmal geholfen hat ist das Plant3D aus irgendeinem Grund diese Schweipunkte nicht mehr dem richtigen Rohrleitungs-Tag zugenordnet hatte. Also einfach den Tag der "Verbindungselemente" korrigieren... Das war aber nur einmal der Fall bei mir und ich konnte den Fehler auch nicht mehr reproduzieren.
Achtung: Plant3D ist bei der Lage der Vebindungspunkte sehr sehr genau. Manchmal passiert es das "PLANTCONNECTJOINT" nicht funktioniert weil die Endpunkte der Rohre sich um 0,000001mm verfehlen...
Ich vermute auch das Plant3D Probleme mit sehr großen Abständen im 3D-Bereich hat. Hast Du z.B. Elemente die in X, Y oder Z-Koordinate sehr weit weg vom Nullpunkt liegen (z.B. wenn der Anlagennullpunkt mehrere Km enfernt liegt) kann das alle möglichen und unmöglichen Auswirkungen haben.
Wirklich weiterhelfen konnte ich Dir damit jetzt wohl leider nicht - aber ich bekenne mich als "Leidensgenosse" 
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mfg Siegfried Schachinger
http://www.tbschatz.at
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