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Hallo!

Heute habe ich ein anderes Problem.
folgende Schritte habe ich ausgeführt.
blockMesh : fehlerfrei
surfaceFeatureExtract: fehlerfrei
decomposePar: fehlerfrei

mpirun -np 4 snappyHexMesh -overwrite -parallel:

Code:

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[loopsterUbuntu:03214] *** Process received signal ***
[loopsterUbuntu:03214] Signal: Segmentation fault (11)
[loopsterUbuntu:03214] Signal code: Address not mapped (1)
[loopsterUbuntu:03214] Failing at address: 0x108
[loopsterUbuntu:03214] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x10340) [0x7f09b9c29340]
[loopsterUbuntu:03214] [ 1] /usr/lib/libatiadlxx.so(ADL2_Send+0x123) [0x7f09ba17bf03]
[loopsterUbuntu:03214] [ 2] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x961bb1) [0x7f09b3596bb1]
[loopsterUbuntu:03214] [ 3] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x9620f4) [0x7f09b35970f4]
[loopsterUbuntu:03214] [ 4] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x935127) [0x7f09b356a127]
[loopsterUbuntu:03214] [ 5] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x93517c) [0x7f09b356a17c]
[loopsterUbuntu:03214] [ 6] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x93a506) [0x7f09b356f506]
[loopsterUbuntu:03214] [ 7] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x923790) [0x7f09b3558790]
[loopsterUbuntu:03214] [ 8] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x67ae73) [0x7f09b32afe73]
[loopsterUbuntu:03214] [ 9] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x6b59f9) [0x7f09b32ea9f9]
[loopsterUbuntu:03214] [10] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x6b5a4f) [0x7f09b32eaa4f]
[loopsterUbuntu:03214] [11] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x6b6545) [0x7f09b32eb545]
[loopsterUbuntu:03214] [12] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x5e25f6) [0x7f09b32175f6]
[loopsterUbuntu:03214] [13] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x5e46c8) [0x7f09b32196c8]
[loopsterUbuntu:03214] [14] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x5e4866) [0x7f09b3219866]
[loopsterUbuntu:03214] [15] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x5a4fd0) [0x7f09b31d9fd0]
[loopsterUbuntu:03214] [16] /usr/lib/libamdocl64.so(+0x5bec77) [0x7f09b31f3c77]
[loopsterUbuntu:03214] [17] /usr/lib/libamdocl64.so(clIcdGetPlatformIDsKHR+0x73) [0x7f09b31c3713]
[loopsterUbuntu:03214] [18] /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libOpenCL.so.1(+0x3cf5) [0x7f09b6990cf5]
[loopsterUbuntu:03214] [19] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0x1013a) [0x7f09ba11613a]
[loopsterUbuntu:03214] [20] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0x10223) [0x7f09ba116223]
[loopsterUbuntu:03214] [21] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0x14c70) [0x7f09ba11ac70]
[loopsterUbuntu:03214] [22] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0xfff4) [0x7f09ba115ff4]
[loopsterUbuntu:03214] [23] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0x143bb) [0x7f09ba11a3bb]
[loopsterUbuntu:03214] [24] /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2(+0x102b) [0x7f09b8df902b]
[loopsterUbuntu:03214] [25] /lib64/ld-linux-x86-64.so.2(+0xfff4) [0x7f09ba115ff4]
[loopsterUbuntu:03214] [26] /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2(+0x162d) [0x7f09b8df962d]
[loopsterUbuntu:03214] [27] /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2(dlopen+0x31) [0x7f09b8df90c1]
[loopsterUbuntu:03214] [28] /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7(+0x6592) [0x7f09b920d592]
[loopsterUbuntu:03214] [29] /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7(+0x317a) [0x7f09b920a17a]
[loopsterUbuntu:03214] *** End of error message ***
Speicherzugriffsfehler (Speicherabzug geschrieben)

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Der Fehler taucht jetzt immer auf, auch bei Fällen die schon erfolgreich gelaufen sind.
Ich habe so eine Ahnung, bin mir aber nicht sicher.
Es scheinen Libs zu fehlen? Vielleicht habe ich Glück und mir kann jemand helfen.

Vielen Dank im Voraus.  

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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

[Diese Nachricht wurde von loopster am 15. Okt. 2015 editiert.]

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Hi,

funktioniert den dein mpi noch? Verwendest du das System MPI oder hast dus kompiliert?
Versuch mal nach dem decomposen noch das checkMesh mit mpirun. Sollte da auch ne Division durch Null vorliegen,
ist irgendwas an deinen Libraries im Argen. Dann würde ich erstmal dein System auf vordermann bringen; Befehle sollten ja bekannt sein.

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Viele Grüße,
Tobias Holzmann

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Moin!
Ich bins mal wieder. Es scheint tatsächlich an mpirun zu liegen.
Habe das System bereinigt, der Fehler bleibt jedoch. Auch einschlägige Foren konnten mir noch nicht weiterhelfen.
Vielleicht hat noch jemand eine Idee, bevor ich das System nochmal ganz neu aufsetze.

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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

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Hi,

also das System neu aufzusetzen brauchst du nicht. Zuerstmal was liefert:

Code:

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which mpirun

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Es sollte, sofern das vom System verwendet wird irgendwas mit /usr/bin/mpirun erfolgen.

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Viele Grüße,
Tobias Holzmann

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die Ausgabe lautet:

Code:

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/usr/bin/mpirun

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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

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Das ist schonmal gut.

Dann machen mir mal eine Systemkorrektur (ich geh davon aus das du ein Debianderivat hast wie Ubuntu):

Code:

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sudo apt-get clean
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade

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mpirun erneut versuchen. Falls noch nichts geht:

Code:

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sudo apt-get install -f libopenmpi-dev openmpi-bin

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falls immer noch nicht dann noch:

Code:

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sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

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Beim Befehl "mpirun" soltlen keine Fehler kommen:

Code:

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mpirun
mpirun (Open MPI) 1.6.5

Usage: mpirun [OPTION]...  [PROGRAM]...
Start the given program using Open RTE

   -am <arg0>            Aggregate MCA parameter set file list
   --app <arg0>          Provide an appfile; ignore all other command line
                         options
.
.
.

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Ist das bei dir der Fall?
Es ist aufjedenfall was mit den Libraries faul. Ggf. könntest du die ganzen Abhängigkeiten von FOAM nochmals installieren:

Code:

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sudo apt-get install --reinstall build-essential flex bison cmake zlib1g-dev libboost-system-dev libboost-thread-dev libopenmpi-dev openmpi-bin gnuplot libreadline-dev libncurses-dev libxt-dev qt4-dev-tools libqt4-dev libqt4-opengl-dev freeglut3-dev libqtwebkit-dev libscotch-dev libcgal-dev

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Viele Grüße,
Tobias Holzmann

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Hallo Tobias,
vielen Dank für die Hilfe. Ich habe jeden Schritt befolgt und auch nachvollzogen.
Ich erhalte tatsächlich

Code:

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mpirun
mpirun (Open MPI) 1.6.5

Usage: mpirun [OPTION]...  [PROGRAM]...
Start the given program using Open RTE

  -am <arg0>            Aggregate MCA parameter set file list
  --app <arg0>          Provide an appfile; ignore all other command line
                        options
.
.
.

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usw.

Auch das Installieren der Abhängigkeiten bringt keinen Erfolg. Ich habe OpenFOAM und paraView gelöscht und neu draufgespielt.
Vielleicht war ich beim Entfernen nicht gründlich genug?

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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

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Hi,

das bekommen wir schon hin. Hast du OF installiert oder kompiliert? Und ich habe mir nochmals deinen Fehler angeschaut. Ich erkundige mich mal was das für ne LIB ist. Scheint mir irgend eine andere LIb zu sein, die ggf. mit mpirun gelinkt ist. Erste Info wäre aber gut zu wissen.

Du könntest auch den Eintrag in der .bashrc abändern:

Code:

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source /pathToFoam/etc/bashrc

alias foxx="source /pathToFoam/etc/bashrc WM_NCOMPPROCS=8 WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI"

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Danach ein neues Terminal öffnen, icoFoam eingeben --> es muss jetzt kommen, Befehl nicht erkannt. Danach foxx eintippen (xx kannst auch für die Version ersetzen) und dann nochmals. Nun müsste icoFoam gehen. Natürlich mit entsprechender Fehler. Jetzt kannst mal nochmals versuchen ob dein MPI geht oder nicht. Letztenendes wirds aber an der lib liegen:

libamdocl64.so

Mal schaun was das ist.

Bitte auch mal die Ausgabe (natürlich wenn die FOAM variablen geladen sind):

Code:

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ldd $(which mpirun)
ldd $(which snappyHexMesh)

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angeben.
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Viele Grüße,
Tobias Holzmann

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Hallo!
IcoFoam funktioniert tadellos ohne mpirun.
Jedoch sei dazugesagt, das die Änderungen in der bashrc keinen Unterschied machten.
Der Befehl IcoFoam wurde trotzdessen ausgeführt und foxx hatte keinelei Wirkung.
Vorrausgesetzt ich habe alles richtig gemacht.    

Code:

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source /opt/openfoam30/etc/bashrc

alias fo30="source /opt/openfoam30/etc/bashrc WM_NCOMPPROCS=8 WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI"

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Also!
ldd $(which mpirun) gibts aus:

Code:

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linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffec39dc000)
libopen-rte.so.4 => /usr/lib/libopen-rte.so.4 (0x00007f243571d000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f24354ff000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f243513a000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f2434f37000)
libhwloc.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5 (0x00007f2434cf7000)
libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007f2434aed000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f24359ec000)
libnuma.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnuma.so.1 (0x00007f24348e2000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f24346de000)

---

ldd $(which snappyHexMesh) gibt aus:

Code:

---

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffeda4f4000)
libfiniteVolume.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libfiniteVolume.so (0x00007f04c6a2e000)
libdecompositionMethods.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libdecompositionMethods.so (0x00007f04c67d1000)
libptscotchDecomp.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/openmpi-system/libptscotchDecomp.so (0x00007f04c65c2000)
libmeshTools.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libmeshTools.so (0x00007f04c6012000)
libsurfMesh.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libsurfMesh.so (0x00007f04c5d16000)
libfileFormats.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libfileFormats.so (0x00007f04c5a8b000)
libdynamicMesh.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libdynamicMesh.so (0x00007f04c54fe000)
libautoMesh.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libautoMesh.so (0x00007f04c50d5000)
libOpenFOAM.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libOpenFOAM.so (0x00007f04c471e000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f04c451a000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f04c4216000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f04c3f10000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f04c3cfa000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f04c3935000)
libPstream.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/openmpi-system/libPstream.so (0x00007f04c3728000)
libtriSurface.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libtriSurface.so (0x00007f04c3496000)
libptscotch-5.1.so => /usr/lib/libptscotch-5.1.so (0x00007f04c31e6000)
libptscotcherrexit-5.1.so => /usr/lib/libptscotcherrexit-5.1.so (0x00007f04c2fe3000)
libscotch-5.1.so => /usr/lib/libscotch-5.1.so (0x00007f04c2d79000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f04c2b71000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f04c2953000)
libmpi.so.1 => /usr/lib/libmpi.so.1 (0x00007f04c25d2000)
libextrudeModel.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libextrudeModel.so (0x00007f04c23b7000)
liblagrangian.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/liblagrangian.so (0x00007f04c2197000)
libedgeMesh.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libedgeMesh.so (0x00007f04c1f2f000)
libdistributed.so => /opt/openfoam30/platforms/linux64GccDPInt32Opt/lib/libdistributed.so (0x00007f04c1cdb000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f04c1ac2000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f04c8074000)
libhwloc.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5 (0x00007f04c1882000)
libptscotcherr-5.1.so => /usr/lib/libptscotcherr-5.1.so (0x00007f04c167f000)
libscotcherr-5.1.so => /usr/lib/libscotcherr-5.1.so (0x00007f04c147d000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f04c127a000)
libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007f04c1070000)
libnuma.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnuma.so.1 (0x00007f04c0e65000)

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EDIT:   Der Fehler scheint bei meinem Grafiktreiber der AMD Karte zu liegen. Tatsächlich könnte das passen,
da das Problem kurz nach der Installation diverser Dinge, wie auch Treibern auftrat. Ich schmeiß den jetzt mal wieder runter und guck mal was passiert.   

Quelle: https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=775225

Letztes EDIT! Es lag wirklich an einem GrafikkartenTreiber. Nach Deinstallation lief mpirun tadellos .

Der Fall kann also geschlossen werden.  Danke nochmal für die Zeit und Hilfe.
Bis zum nächsten Mal. 
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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

[Diese Nachricht wurde von loopster am 11. Nov. 2015 editiert.]

[Diese Nachricht wurde von loopster am 11. Nov. 2015 editiert.]

[Diese Nachricht wurde von loopster am 11. Nov. 2015 editiert.]

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Hi,

interessant. Allerdings wäre es auch interessant zu wissen ob es funktioniert wenn du die Änderung korrekt übernommen hättest:

Code:

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//source /opt/openfoam30/etc/bashrc  <<<< löschen

alias fo30="source /opt/openfoam30/etc/bashrc WM_NCOMPPROCS=8 WM_MPLIB=SYSTEMOPENMPI"

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War von mir etwas unklar ausgedrückt.
Aber da nun alles wieder geht, passt es ja.
Falls du das noch testen möchtest, gerne!

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Viele Grüße,
Tobias Holzmann

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Also dass icoFoam als Befehl nicht erkannt wird, haut hin.
Aber auf fo30 gibt es keinerlei Reaktion.

Schönen Abend noch und bis zum nächsten Mal.

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"Die ersten Menschen waren nicht die letzten Affen." (Kästner)

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