Jedoch wurde dann immer nur das letzte hinzugefügte Dokument geplottet. Daher bin ich davon ausgegangen, dass das alles nicht in einem Auftrag geplottet werden kann.
Darauf hin habe ich den Code so abgeändert, dass pro Änderung und Ausgabeformat immer die PlotEngine neu erzeugt, das Dokument geplottet
und gewartet wird, bis der ProcessPlotState auf NotPlotting steht und dann mit der der nächsten Änderung/Format fortgefahren wird.

Code:

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// create plot engine
var plotEngine = PlotFactory.CreatePublishEngine();
plotEngine.BeginPlot(null, null);

// begin document
plotEngine.BeginDocument(plotInfo, ...);

// plot the first sheet/layout
plotEngine.BeginPage(new PlotPageInfo(), plotInfo, true, null);

// generate graphics
plotEngine.BeginGenerateGraphics(null);
plotEngine.EndGenerateGraphics(null);

// finish the sheet/layout
plotEngine.EndPage(null);

// finish the document and plot
plotEngine.EndDocument(null);
plotEngine.EndPlot(null);
plotEngine.Destroy();

// wait for plotter
new Thread(delegate()
    {
          while (PlotFactory.ProcessPlotState != ProcessPlotState.NotPlotting) Thread.Sleep(10);
          ExportCompleted(null, EventArgs.Empty);
    }).Start();

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