Hallo duusend,
wenn er beim Öffnen der Baugruppe den Hinweis gibt, dass es das Teil nicht selbst finden kann und ob man danach suchen möchte das bestätigen, einmal in der Dateiauswahlbox das verschobene Teil auswählen, danach finden SolidWorks alle anderen Dokumente, die in diesem Ordner sind, auch. Baugruppe speichern, fertig. Alternativ direkt beim Öffnen auf "Referenzen" klicken (unterhalb des Öffnen Knopfes im datei-Öffnen-Dialog) und dort die richtigen Pfade eintragen; ist mir aber zu lästig.
Man kann die ganzen Unterordner auch in die Suchpfade eintragen, ich persönlich würde das aber nicht tun. Allerdings finde ich es auch nicht zu Umständlich das mit Variante A oder B beim Öffnen zu machen.
Ach ja, wenn die Frage nach der fehlenden Komponente beim öffnen gar nicht kommt und SolidWorks die Komponenten gleich unterdrückt hast du die Frage weggeklickt und sogar extra den Haken reingemacht und frag mich das bloß nie wieder 
Wiederbekommen kannst du die Frage in den SolidWorks System Optionen unter Erweitert.
Ciao,
Stefan
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