Hallo Carioca09,
ich muss gestehen, dass ich die Referenzlogik der Struktur nicht so ganz verstanden habe. Du hast ein Teil, nennen wir es Anton, das durch kombinieren zusammengesetzt ist. Kombinieren erzeugt keine neue externe Referenz, sollte also kein Problem sein. Also bleibt die Referenz zur einer Baugruppe, BG1. Dabei spielt es für Anton referenztechnisch keine Rolle, ob es in BG1 verbaut ist oder nicht.
Dann sprichst du von einem Insert in BG1, wo kommt das her? Ist damit was besonderes? Oder ist das Anton? Wie dem auch sei, BG1 hat also eine Referenz zu Insert. Und es gibt eine Zeichnung ZBG1, die BG1 darstellt. Auch kein Problem.
Jetzt baust du BG1 in BG2 ein, also hat BG2 eine Referenz auf BG1. Nix von Anton zu sehen, es sei denn Anton = Insert 
Die Zeichnung ZBG2 zeigt also eine Darstellung von BG2, und solange du nur einen Textstempel in ZBG2 machst und alles andere aktuell ist sollte auch nur die Zeichnung gespeichert werden müssen. Da liegt wohl der Hase im Pfeffer: ich vermute, ich hab etwas nicht verstanden, du hast nicht alle Zusammenhänge aufgeführt oder irgendwelche (ggf. nur ein) Teil in der Struktur von BG1 ist nicht aktuell und musste regeneriert werden, wodurch dann sowohl Anton als auch BG1, BG2 und ZBG2 regeneriert werden müssen.
Um einen Zusammenhang mit irgendwelchen Verwaltungssystemen auszuräumen (PS: Datenbanken selbst sind vollkommen harmlos, die Logik der Dokumentenverwaltung kann einem aber in die Suppe spucken) würde ich alle Zusatzanwendungen deaktivieren und nur "blankes" SolidWorks probieren. So wie ich es verstanden habe sollte SolidWorks damit kein Problem haben, aber je nach Größe und Komplexität und rekursiven Rebuilds oder Bezügen kann es schon passieren, das da irgendwas schief geht.
Ist ziemlich schwierig zu beurteilen ohne wirklich die Dokumente selbst zu sehen. Ich würde damit anfangen, dass ich alle Einzeilteile aufrufe, alle Konfigurationen davon nacheinander aktiviere und durchrechnen lassen, anschließend dasselbe mit den Baugruppen und zum Schluß die Zeichnungen. Wenn es dann immer noch passiert wird es schwieriger 
Ciao,
Stefan
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