Hallo Stefan,
wenn es tatsächlich dieselben Namen sind ist das ein Fehler und SolidWorks wird sich bis auf eine davon weigern auf die anderen zuzugreifen. Hatten wir auch schon mal bei ein paar einzelnen, sehr wenigen Dateien, ich glaub nach der Umstellung von 2001Plus auf 2003.
Da hilft dann nur alle bis auf eine, die denselben Namen haben zu löschen.
Es könnte allerdings auch ein "Gimmick" sein: falls die Konfigurationsnamen am Anfang oder Ende Leerzeichen haben werden die im Featurebaum nicht angezeigt

Heißt im Klartext, die Konfigurationsnamen können schon anders sein, werden im Featurebaum aber alle gleich angezeigt, vielleicht schaust du mal einfach nach, ob irgendein Scherzbold so ein Leerzeichen davor oder dahinter geschrieben hat 
Ciao,
Stefan
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