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Ich weiss nicht, in welches Forum diese Frage gehört, aber ich versuche es hier.

Ich möchte eine FEM-Berechnung auf einem Uni-Cluster durchführen. Kenne mich mit UNIX-KOmandos und dem ganzen nicht so aus. Meine Rechnung wird bis zu einem bestimmten Zeitpunkt ausgeführt (2 von 5 Schritten, die ich berechnen möchte, aber ist nicht so wichtig) und dann abgebrochen. Die Fehlermeldung, die ich bekomme lautet: "Queue or system cpu time limit exceeded". Weiß jemand, was ich tun muss? ein KOmmando in das Input file schreiben oder einen bestimmten UNIX-Befehl beim Input-file-Abschicken hinschreiben? (Auf meinem eigenen Rechner wird die Rechnung beendet)

Bitte, Hilfe!

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Auf den Clustern gibts meistens verschiedene "Queues", die unterschiedliche maximale CPU-Zeiten haben. Zum Beispiel max. 1 Std oder 24 Std. Entweder du hast deinen Job in eine queue für kurze Zeiten geschickt oder du hast eine zu kurze CPU-time im jobscript angefordert.

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und wie gebe ich die Zeit an???

Ich hab hier so ne komische Anleitung, wo es heißt (alle Zeichen genau abgetippt):

#Angabe der benoetigten Zeit in der Form hh:mm:ss
#Beachten: Jobs mit h_rt > 24 Std. werden nicht automatisch
#abgearbeitet
#$ -l h_rt=00:15:00

also muss ich die letzte Zeile doch irgendwo eingeben, oder? wo denn? Der SSh SEcure Shell nimmt die so nicht an

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Bei mir schaut das Skript so aus (für einen Marc-Mentat-Job):

#!/bin/csh
#
###stdout und stderr umleiten
#
#PBS -o job.out
#PBS -e job.err
#
### specify run time and number of cpus
###normal: walltime=48:00:00
###long: walltime=240:00:00
#
#PBS -l walltime=240:00:00
#
### name of the job
#PBS -N test
#
### send emails to the user (abort, end, begin)
#PBS -m aeb
#PBS -M (E-Mail-Adresse)

# change to the directory where qsub was made
cd /Verzeichnis
#$PBS_O_WORKDIR

# run marc2005
/local/bin/marc2005 -jid test_job1.dat -qid fore -ver no

Dieses Skript erstelle ich mit einem normalen Texteditor und sende es dann an den cluster. Das Kommando in der SSH ist "qsub Name-Textdatei". Mit "qstat -a" kann man abfragen, welche Jobs gerade laufen bzw. in der Warteschlange sind.
Gibt es denn keinen Betreuer für den cluster? Irgendjemand muss doch dafür verantwortlich sein. Frag mal den, der sollte das genauer wissen.

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