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  checkMesh und decomposPar stürzen mit Salome Mesh ab

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Autor Thema:  checkMesh und decomposPar stürzen mit Salome Mesh ab (1296 mal gelesen)
pajofego
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Beiträge: 57
Registriert: 07.02.2006

 erstellt am: 03. Jul. 2011 16:41    Editieren oder löschen Sie diesen Beitrag!  <-- editieren / zitieren -->   Antwort mit Zitat in Fett Antwort mit kursivem Zitat    Unities abgeben: 1 Unity (wenig hilfreich, aber dennoch)2 Unities3 Unities4 Unities5 Unities6 Unities7 Unities8 Unities9 Unities10 Unities
Hallo Gemeinde,

ich habe ein Netz mit der aktuellen Version von Salome nach openFoam im Ideas Format zu benutzen. Dabei ist mir folgendes aufgefallen.

Ein mit dem Netgen 1-2-3 Algorithmus erstelltes Netz funktioniert mit jedem Solver, lediglich beim Ausführen von checkMesh stürzt dieser ab und ein decomposePar ist gar nicht möglich, s.d. ich immer nur auf einem Core rechnen kann:

Code:

/*---------------------------------------------------------------------------*\
| =========                 |                                                 |
| \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox           |
|  \\    /   O peration     | Version:  1.7.x                                 |
|   \\  /    A nd           | Web:      www.OpenFOAM.com                       |
|    \\/     M anipulation  |                                                 |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
Build  : 1.7.x-131caa989cd3
Exec   : checkMesh
Date   : Jun 23 2011
Time   : 14:35:58
Host   : pajofego-laptop
PID    : 19513
Case   : /home/pajofego/OpenFOAM/pajofego-1.7.1/run/heat/Kugelkammer
nProcs : 1
SigFpe : Enabling floating point exception trapping (FOAM_SIGFPE).

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
Create time

Create polyMesh for time = 0

Time = 0

Mesh stats
    points:           114218
    faces:            1215560
    internal faces:   1162052
    cells:            594403
    boundary patches: 4
    point zones:      0
    face zones:       1
    cell zones:       1

Overall number of cells of each type:
    hexahedra:     0
    prisms:        0
    wedges:        0
    pyramids:      0
    tet wedges:    0
    tetrahedra:    594403
    polyhedra:     0

Checking topology...
    Boundary definition OK.
#0  Foam::error:  rintStack(Foam::Ostream&) in "/opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libOpenFOAM.so"
#1  Foam::sigSegv::sigSegvHandler(int) in "/opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libOpenFOAM.so"
#2  Uninterpreted:
#3  Foam::faceZone::checkParallelSync(bool) const in "/opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libOpenFOAM.so"
#4 
in "/opt/openfoam171/applications/bin/linuxGccDPOpt/checkMesh"
#5 
in "/opt/openfoam171/applications/bin/linuxGccDPOpt/checkMesh"
#6  __libc_start_main in "/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6"
#7 
in "/opt/openfoam171/applications/bin/linuxGccDPOpt/checkMesh"
Speicherzugriffsfehler

Ein größeres Problem tritt auf, wenn ich eine Boundary Layer einfügen möchte. Alle zur verfügung stehende Algorithmen führen dazu, dass jeder Solver abstürzt.

Meine Frage an euch: Wer erstellt in Salome Tet Netze und schafft diese problemlos in openfoam inkl. Boundary Layer sowie parallelisiert zu rechnen? Ein paar Hinweise worauf man achten sollte wären super.

Danke und Gruß
pajofego   

Code:

/*---------------------------------------------------------------------------*\
| =========                |                                                |
| \\      /  F ield        | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox          |
|  \\    /  O peration    | Version:  1.7.x                                |
|  \\  /    A nd          | Web:      www.OpenFOAM.com                      |
|    \\/    M anipulation  |                                                |
\*---------------------------------------------------------------------------*/
Build  : 1.7.x-131caa989cd3
Exec  : decomposePar
Date  : Jul 03 2011
Time  : 21:54:24
Host  : pajofego-laptop
PID    : 9200
Case  : /home/pajofego/OpenFOAM/pajofego-1.7.1/run/heat/Ringbrennkammer
nProcs : 1
SigFpe : Enabling floating point exception trapping (FOAM_SIGFPE).

// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
Create time

Time = 0
Create mesh

Calculating distribution of cells
Selecting decompositionMethod scotch

Finished decomposition in 5.16 s

Calculating original mesh data

Distributing cells to processors

Distributing faces to processors

Calculating processor boundary addressing

Distributing points to processors

Constructing processor meshes
*** glibc detected *** decomposePar: malloc(): memory corruption: 0x0cd60050 ***
======= Backtrace: =========
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(+0x6b591)[0x12f7591]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(+0x6e395)[0x12fa395]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__libc_malloc+0x5c)[0x12fbf9c]
/usr/lib/libstdc++.so.6(_Znwj+0x27)[0x447c07]
/usr/lib/libstdc++.so.6(_Znaj+0x1d)[0x447d3d]
decomposePar(_ZN4Foam4ListIiEC1EiRKi+0x56)[0x814dea6]
decomposePar[0x81481e1]
decomposePar[0x809389e]
/lib/tls/i686/cmov/libc.so.6(__libc_start_main+0xe6)[0x12a2bd6]
decomposePar[0x808e0b1]
======= Memory map: ========
00110000-0012c000 r-xp 00000000 08:01 794757    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libdecompositionMethods.so
0012c000-0012d000 r--p 0001b000 08:01 794757    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libdecompositionMethods.so
0012d000-0012e000 rw-p 0001c000 08:01 794757    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libdecompositionMethods.so
0012e000-00144000 r-xp 00000000 08:01 794780    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/liblagrangian.so
00144000-00145000 ---p 00016000 08:01 794780    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/liblagrangian.so
00145000-00146000 r--p 00016000 08:01 794780    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/liblagrangian.so
00146000-00147000 rw-p 00017000 08:01 794780    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/liblagrangian.so
00147000-00383000 r-xp 00000000 08:01 794783    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libmeshTools.so
00383000-00384000 ---p 0023c000 08:01 794783    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libmeshTools.so
00384000-00387000 r--p 0023c000 08:01 794783    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libmeshTools.so
00387000-00389000 rw-p 0023f000 08:01 794783    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libmeshTools.so
00389000-0038a000 rw-p 00000000 00:00 0
0038a000-00473000 r-xp 00000000 08:01 3542707    /usr/lib/libstdc++.so.6.0.13
00473000-00474000 ---p 000e9000 08:01 3542707    /usr/lib/libstdc++.so.6.0.13
00474000-00478000 r--p 000e9000 08:01 3542707    /usr/lib/libstdc++.so.6.0.13
00478000-00479000 rw-p 000ed000 08:01 3542707    /usr/lib/libstdc++.so.6.0.13
00479000-00480000 rw-p 00000000 00:00 0
00480000-0049d000 r-xp 00000000 08:01 5767251    /lib/libgcc_s.so.1
0049d000-0049e000 r--p 0001c000 08:01 5767251    /lib/libgcc_s.so.1
0049e000-0049f000 rw-p 0001d000 08:01 5767251    /lib/libgcc_s.so.1
0049f000-004a0000 r-xp 00000000 08:01 3541205    /usr/lib/libscotcherrexit-5.1.so
004a0000-004a1000 r--p 00000000 08:01 3541205    /usr/lib/libscotcherrexit-5.1.so
004a1000-004a2000 rw-p 00001000 08:01 3541205    /usr/lib/libscotcherrexit-5.1.so
004a2000-004a3000 r-xp 00000000 00:00 0          [vdso]
004a3000-004c7000 r-xp 00000000 08:01 5898464    /lib/tls/i686/cmov/libm-2.11.1.so
004c7000-004c8000 r--p 00023000 08:01 5898464    /lib/tls/i686/cmov/libm-2.11.1.so
004c8000-004c9000 rw-p 00024000 08:01 5898464    /lib/tls/i686/cmov/libm-2.11.1.so
004c9000-004cd000 r-xp 00000000 08:01 794776    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libmetisDecomp.so
004cd000-004ce000 r--p 00003000 08:01 794776    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libmetisDecomp.so
004ce000-004cf000 rw-p 00004000 08:01 794776    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libmetisDecomp.so
004d1000-004d3000 r-xp 00000000 08:01 5898463    /lib/tls/i686/cmov/libdl-2.11.1.so
004d3000-004d4000 r--p 00001000 08:01 5898463    /lib/tls/i686/cmov/libdl-2.11.1.so
004d4000-004d5000 rw-p 00002000 08:01 5898463    /lib/tls/i686/cmov/libdl-2.11.1.so
004d5000-004dd000 r-xp 00000000 08:01 794749    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/openmpi-system/libPstream.so
004dd000-004de000 r--p 00007000 08:01 794749    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/openmpi-system/libPstream.so
004de000-004df000 rw-p 00008000 08:01 794749    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/openmpi-system/libPstream.so
004df000-004ea000 r-xp 00000000 08:01 794769    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libscotchDecomp.so
004ea000-004eb000 r--p 0000a000 08:01 794769    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libscotchDecomp.so
004eb000-004ec000 rw-p 0000b000 08:01 794769    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libscotchDecomp.so
004ec000-004f0000 r-xp 00000000 08:01 794773    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libparMetisDecomp.so
004f0000-004f1000 r--p 00003000 08:01 794773    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libparMetisDecomp.so
004f1000-004f2000 rw-p 00004000 08:01 794773    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/dummy/libparMetisDecomp.so
004f2000-004f3000 r-xp 00000000 08:01 3541204    /usr/lib/libscotcherr-5.1.so
004f3000-004f4000 r--p 00000000 08:01 3541204    /usr/lib/libscotcherr-5.1.so
004f4000-004f5000 rw-p 00001000 08:01 3541204    /usr/lib/libscotcherr-5.1.so
004f5000-00590000 r-xp 00000000 08:01 794798    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libgenericPatchFields.so
00590000-00591000 ---p 0009b000 08:01 794798    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libgenericPatchFields.so
00591000-00593000 r--p 0009b000 08:01 794798    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libgenericPatchFields.so
00593000-00594000 rw-p 0009d000 08:01 794798    /opt/openfoam171/lib/linuxGccDPOpt/libgenericPatchFields.so
00594000-005a9000 r-xp 00000000 08:01 5898476    /lib/tls/i686/cmov/libpthread-2.11.1.so
005a9000-005aa000 r--p 00014000 08:01 5898476    /lib/tls/i686/cmov/libpthread-2.11.1.so
005aa000-005ab000 rw-p 00015000 08:01 5898476    /lib/tls/i686/cmov/libpthread-2.11.1.so
005ab000-005ad000 rw-p 00000000 00:00 0
005ad000-005c0000 r-xp 00000000 08:01 5767366    /lib/libz.so.1.2.3.3
005c0000-005c1000 r--p 00012000 08:01 5767366    /lib/libz.so.1.2.3.3
005c1000-005c2000 rw-p 00013000 08:01 5767366    /lib/libz.so.1.2.3.3
005c2000-005d5000 r-xp 00000000 08:01 5898466    /lib/tls/i686/cmov/libnsl-2.11.1.so
005d5000-005d6000 r--p 00012000 08:01 5898466    /lib/tls/i686/cmov/libnsl-2.11.1.so
005d6000-005d7000 rw-p 00013000 08:01 5898466    /lib/tls/i686/cmov/libnsl-2.11.1.so
005d7000-005d9000 rw-p 00000000 00:00 0
005d9000-005db000 r-xp 00000000 08:01 5898481    /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.11.1.so
005db000-005dc000 r--p 00001000 08:01 5898481    /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.11.1.so
005dc000-005dd000 rw-p 00002000 08:01 5898481    /lib/tls/i686/cmov/libutil-2.11.1.so
005dd000-005e4000 r-xp 00000000 08:01 5898478    /lib/tls/i686/cmov/librt-2.11.1.so
005e4000-005e5000 r--p 00006000 08:01 5898478    /lib/tls/i686/cmov/librt-2.11.1.so
005e5000-005e6000 rw-p 00007000 08:01 5898478    /lib/tls/i686/cmov/librt-2.11.1.so
005e7000-00602000 r-xp 00000000 08:01 5767193    /lib/ld-2.11.1.so
00602000-00603000 r--p 0001a000 08:01 5767193    /lib/ld-2.11.1.so
00603000-00604000 rw-p 0001b000 08:01 5767193    /lib/ld-2.11.1.soAbgebrochen

[Diese Nachricht wurde von pajofego am 03. Jul. 2011 editiert.]

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TTB
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Beiträge: 353
Registriert: 02.10.2008

BIM HVACTool für Windows OpenFOAM-2.2.x

erstellt am: 04. Jul. 2011 09:00    Editieren oder löschen Sie diesen Beitrag!  <-- editieren / zitieren -->   Antwort mit Zitat in Fett Antwort mit kursivem Zitat    Unities abgeben: 1 Unity (wenig hilfreich, aber dennoch)2 Unities3 Unities4 Unities5 Unities6 Unities7 Unities8 Unities9 Unities10 Unities Nur für pajofego 10 Unities + Antwort hilfreich
Hallo pajofego,

ich denke, dass der Fehler schon bei der Vernetzung in Salome sein wird. Früher habe ich des öfteren Tetrahedra-Netzte verwenden und ohne Schwierigkeiten in OpenFOAM eingelesen.

Gibt es evtl. schon Warnungen bei "ideasUnvToFoam" ?

Gruß Thomas

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pajofego
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Beiträge: 57
Registriert: 07.02.2006

 erstellt am: 04. Jul. 2011 18:30    Editieren oder löschen Sie diesen Beitrag!  <-- editieren / zitieren -->   Antwort mit Zitat in Fett Antwort mit kursivem Zitat    Unities abgeben: 1 Unity (wenig hilfreich, aber dennoch)2 Unities3 Unities4 Unities5 Unities6 Unities7 Unities8 Unities9 Unities10 Unities
Nein, Fehlermeldungen gab's nicht. Ich habe gestern noch mal mit den Faktoren der Netzgröße gespielt und auf einmal ging checkMesh und decomposPar.  D.h. ich konnte den Fehler nicht richtig reproduzieren. Vor allem war es merkwürdig, dass in zwei unterschiedlichen cases mit dem gleichen Mesh jeweils zum Absturz geführt hat und anderes Mal nicht. Getestes auf zwei unabhängigen Rechnern. Ich werde das beobachten und versuchen eine reproduzierbaren Absturz zu erzwingne. Bis dahin denke ich wird eine Analyse sehr schwer. Ich melde mich, sobald ich Neues in Erfahrungen habe bringen können.

Danke.
Gruß
pajofego

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