Meine Antwort wird Ihnen auch nicht besonders viel helfen.
Zunächst müsste man mehr über genutzte Hardware, Betriebssystem, Inventorversion und Vaultversion wissen, um ggf. eine solche Umgebung nachstellen zu können.
Mit hoher Wahrscheinlichkeit liegt es aber an den Daten selbst, gerade das hier gern gehypte Thema Masterskizze hat schon ein paar Überraschungen bereit. Man wird also nicht um eine Analyse der Daten herumkommen. Und das - müssten Sie selbst machen, indem Sie nach und nach Teile der iam aus dieser herausnehmen und prüfen, ob der Effekt dann auch noch auftritt.
Hier im Job habe ich kaum Möglichkeiten, mein i7 (gen8) mit 32GB RAM kommt mit größeren Baugruppen mühelos zurande, (Quadro mit 5GB), IV2024 mit Profi-PDM (was nicht zwingend gut ist). Allerdings ist bei mir der Expressmodus wohl gleich deaktiviert, weil sowieso kaum schneller.
Zuhause mit meinen aktuell 225 PCs habe ich keinen aktuellen IV mehr, mir missfiel das Lizenzkonzept und da bin ich recht kurz angebunden. Eine ganze Reihe Maschinen mit durchaus mehr als 128GB RAM sind Dual-XEONs, also kaum i7/i9.
Da wir in der Firma durchaus Rechner mit 2TB RAM haben und ich auch viel in der Software mitmische, tippe ich da schon auf einen Bug, d.h. daß sich der Expressmodus in einer Schleife oder einem rekursiven Aufruf verhakt und dabei immer mehr Speicher einfordert.
Da der Standardmodus keine 30 Sekunden braucht und damit schneller sein dürfte als die Kaffeemaschine, würde ich den Expressmodus einfach vergessen und abschalten.
Und in der Ecke, die Sie mir einst nahegelegt haben, was eine klasse Idee war, da lese ich zwar auch öfter über Klagen, weil der Expressmodus seinem Namen ein wenig gerechter werden könnte, aber so extrem wie bei Ihnen, das ist mir neu. Allerdings haben wir dort meist ke3in PDM, sondern eine Technik, die das Kopieren eines ganzen Projekts in eine Quarantäneumgebung erleichtert. Das ist das, was mir bei Vault/PDM-Systemen eher wenig gut gelöst erscheint.
Das Gefühl in der linken Mittelzehe sagt - man probiere es mal ohne Masterskizze. Hab da so meine Erfahrungen.
Wünsche noch viel Erfolg dazu.
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Schrott ... dir wird wahrscheinlich auch aufgefallen sein das deine Baugruppengröße im Expressmodus gespeicherter Dateien wesentlich größer ist, da Inventor Grafiken in der Baugruppe speichert, Ich denke da liegt auch das Problem, dass erstellen und handling dieser Grafiken kann Inventor ab einer gewissen größe nicht mehr handhaben. 
