Hallo Josef,
Da arbeitest Du auf eine Art und Weise, die zwar möglich ist, aber nicht empfohlen.
Prinzipiell sollten alle Manipulationen mit Bauteilen/-gruppen über den Katalog abgewickelt werden, dann entstehen so Situationen wie Du sie beschreibst (fast) garnicht.
Bedenke: Hinter der (externen) Baugruppenstruktur steht die "alte" ACAD Xref-Technologie. Auch wenn Du Teile im Katalog umbenennst, bleibt der Xref- Teil unberührt, und kann unerwartete Effekte hervorrufen.
Für Dein konkretes Problem gilt: Solange suchen, bis Du das fragliche Teil gefunden hast und dann entfernen! Es mag hilfreich sein, die "leere" Xref mit einem Inhalt zu füllen, dann siehst Du es im Grafikbereich.
Mir ist vergleichbares auch schon untergekommen, und nach viel herumprobieren konnte ich noch alle Zombies loswerden.
mfg - Leo
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