Hatten wir auch schon öfters.
In den Customer Defaults ist bei dir wahrscheinlich die Einstellung "Synchronize Assembly Arrangement" gesetzt, damit die Anordnungen auch an die TcBOM übergeben werden. Und genau das scheint nicht zu klappen. Bei uns lag das Problem damals an Teamcenter - ich weiß nur nicht mehr wo genau. In Frage kommen eigentlich nur Bug und / oder Konfiguration bzw. Customizing. Hast du die Möglichkeit, das OOTB (also ohne Customizing / Konfiguration zu prüfen)?
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Gruß 
Markus
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