Hallo Tanja,
nur mal so als Ansatz:
Werden die gleichen Formeln genutzt?
Wie sieht die Fläche aus? (mit Kreisbögen, etc.)
Wird die projizierte oder die wahre Fläche berechnet?
Wenn selbst bei einfachen Flächen Abweichungen auftreten, dann rechne den Flächeninhalt mal "zu Fuß" nach. Kannst dann ja mal sagen, welches Programm richtg rechnet.
Viele Grüße Lutz
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May the force be with you! 
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