Sorry für meine vielleicht etwas triviale Antwort.
Wenn Du Dich bereits mit FEM beschäftigst, wäre Deine Frage vielleicht für das Forum "FEM allgemein" geeigneter ...
Im Regelfall hast Du bei entsprechend hohen Schraubenvorspannkräften keine Relativbewegung in den Trennfugen, weshalb es nicht zwangsläufig notwendig ist, direkt mit einer Kontaktberechnung zu starten. Gerade bei einer großen Anzahl miteinander verschraubter Flansche ist das dann eher numerisch uneffizient.
Wenn die Steifigkeiten der miteinander verspannten Elemente annähernd in der gleichen Größenordnung liegen, dann würde ich erst mal ohne Kontakt rechnen, sondern einfache Federelemente einführen (anders ist es z.B. bei mitverspannten Dichtungselementen, die u.U. sehr viel weniger Steifigkeit als die eigentlichen Flanschbauteile aufweisen).
Die Modellierung Deiner Schrauben mit Balkenelementen ist angemessen, nur musst Du in geeigneter Weise Deine Vorspannkraft darauf applizieren. Das FEM-Schraubenelement wird verkürzt, um die Vorspannkraft auf die Flanschteile übertragen zu können. In der Realität "längt" sich der Schraubenbolzen dagegen.
Nach der Applikation der Schraubenvorspannkraft geht es dann darum, die statisch oder dynamisch wirksamen Bauteilkräfte einzuleiten, um die entsprechenden Beanspruchungen beurteilen zu können.
Das ist dann eigentlich schon alles.
Es gibt in speziellen FEM-Programmen wie ABAQUS sehr elegante Möglichkeiten, direkt eine Schraubenvorspannkraft zu applizieren. In anderen Programmen würdest Du vielleicht eine thermisch induzierte Kontraktion des Schraubenbolzens vorsehen, um die entsprechende Vorspannkraft aufzugeben.
Gruss und schönes Wochenende,
Rüdiger
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